พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงผนวช เมื่อพระชนมายุ 20 พรรษา และเสด็จประทับ ณ วัดมหาธาตุและวัดสมอราย (วัดราชาธิวาส) ทรงพบว่าพระสงฆ์ประพฤติวัตรปฏิบัติในทางผิดพระพุทธบัญญัติ จึงทรงแสวงหาพระอาจารย์ผู้สอนพระธรรมที่เคร่งครัด สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงอธิบายว่า
“….ในขณะเมื่อกำลังทรงพระวิตกดังว่ามา และยังไม่เห็นทางที่จะแก้ไข ได้กิตติศัพท์พทราบถึงพระกรรณว่ามีพระเถระมอญองค์ 1 (ชื่อ ซาย นาม ฉายาว่า พุทธวงศ์) บวชมาแต่เมืองมอญ มาอยู่ในวัดบวรมงคลได้เป็นพระราชาคณะที่พระสุเมธมุนี เป็นผู้ชำนาญพระวินัยปิฎกและประพฤติวัตรปฏิบัติอย่างเคร่งครัด จึงเสด็จไปทรงทำวิสาสะสนทนากับพระสุเทธมุนีๆ ทูลอธิบายระเบียบวัตรปฏิบัติของพระมอญคณะ (กัลยาณี) ที่ท่านอุปสมบทให้ทรงทราบโดยพิสดาร ทรงพิจารณาเห็นไม่ห่างไกลจากพระพุทธบัญญัติเหมือนอย่างวัตรปฏิบัติของพระสงฆ์สยามก็ทรงยินดี ด้วยตระหนักในพระหฤทัยว่าสมณวงศ์ไม่สูญเสียแล้วเหมือนอย่างทรงพระวิตกอยู่แต่กอ่น ก็ทรงเลื่อมใสใคร่จะประพฤติวัตรปฏิบัติตามแบบพระมอญ...จึงเสด็จย้ายไปประทับ ณ วัดสมอราย...จึเริ่มเกิดเป็นคณะสงฆ์ ซึ่งแสวงหาสัมมาปฏิบัติ อันมาได้นามในภายหลังว่า ธรรยุติกา แต่นั้นเป็นต้นมา...”
อย่างไรก็ตาม ในปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงเกรงว่าพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจะทรงนับถือพุทธศาสนาแบบรามัญเสียทั้งหมด ดังในพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 3 ว่า
“...ที่สติปัญญาพอรักษาแผ่นดินได้อยู่ ก็เห็นแต่ท่านฟ้าใหญ่ ท่านฟ้าน้อย 2 พระองค์ แต่ก็ทรงรังเกียจอยู่ว่า ท่านฟ้าใหญ่ถืออย่างมอญ ถ้าเป็นเจ้าแผ่นดินขึ้น ก็จะให้พระสงฆ์ห่มผ้าอย่างมอญเสียหมดทั้งแผ่นดินดอกกระมัง...”
พระวชิรญาณภิกขุได้เข้าเฝ้ากราบบังคมทูลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวว่า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวมิได้มีพระทัยเปลี่ยนศาสนาให้เป็นไปอย่างมอญ และทรงปฏิญาณว่าจะให้พระสงฆ์กลับไปห่มคลุมตามแบบเดิม “…ทรงจัดการต่างๆ มา มีพระประสงค์จะประพฤติพระธรรมวินัยให้ถูกต้องตามพระพุทธบัญญัติ ... เมื่อทราบว่ามีบางอย่างที่ไม่ชอบพระราชอัธยาศัยก็จะไม่ฝ่าฝืน แล้วตรัสสั่งให้พระสงฆ์ธรรมยุติกากลับห่มคลุมอย่างมหานิกายตามเดิม...”